Index

_

__call__() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

_binning_coordinates() (in module Bering.models) _get_binned_coordinates() (in module Bering.models) _get_image_graph() (in module Bering.models) _sample_edges() (in module Bering.models)

A

add_image_features() (Bering.BrGraph method) (Bering.objects.Bering_Graph method) (in module Bering.preprocess) add_module() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

apply() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

B

BaselineMLP (class in Bering.models), [1] Bering.datasets module, [1] Bering.graphs module Bering.models module Bering.objects module Bering.plotting module Bering.preprocess module Bering.tools module Bering.training module

Bering_Graph (class in Bering.objects) bfloat16() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] BrGraph (in module Bering) buffers() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] BuildGraph() (in module Bering.graphs) BuildGraph_fromRaw() (in module Bering.graphs) BuildWindowGraphs() (in module Bering.graphs)

C

call_super_init (Bering.models.BaselineMLP attribute), [1] (Bering.models.EdgeClf attribute), [1] (Bering.models.GaussianSmearing attribute) (Bering.models.GCN attribute), [1] (Bering.models.ImageEncoder attribute), [1] cell_analyze() (in module Bering.tools) cell_annotation() (in module Bering.tools) cell_segmentation() (in module Bering.tools) children() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] compile() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

cosmx_nsclc_he() (in module Bering.datasets) cpu() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] CreateData() (in module Bering.graphs) cuda() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

D

double() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

dump_patches (Bering.models.BaselineMLP attribute), [1] (Bering.models.EdgeClf attribute), [1] (Bering.models.GaussianSmearing attribute) (Bering.models.GCN attribute), [1] (Bering.models.ImageEncoder attribute), [1]

E

early_stop() (Bering.training.EarlyStopper method), [1] EarlyStopper (class in Bering.training), [1] EdgeClf (class in Bering.models), [1] eval() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

extra_repr() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

F

float() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

forward() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

G

GaussianSmearing (class in Bering.models) GCN (class in Bering.models), [1] get_buffer() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] get_conv2d_embedding() (Bering.models.ImageEncoder method), [1] get_extra_state() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

get_latent() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.GCN method), [1] get_parameter() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] get_submodule() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

H

half() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

I

ImageEncoder (class in Bering.models), [1] ipu() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

iss_ca1_qian() (in module Bering.datasets)

L

load_state_dict() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

M

merfish_cortex_zhang() (in module Bering.datasets) merfish_ileum_petukhov() (in module Bering.datasets) model_cosmx_nsclc_he() (in module Bering.datasets) model_iss_ca1_qian() (in module Bering.datasets) model_merfish_cortex_zhang() (in module Bering.datasets) model_xenium_dcis_janesick() (in module Bering.datasets) module Bering.datasets, [1] Bering.graphs Bering.models Bering.objects Bering.plotting Bering.preprocess Bering.tools Bering.training

modules() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

N

named_buffers() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] named_children() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

named_modules() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] named_parameters() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] node_classification() (in module Bering.tools)

P

parameters() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] Plot_Classification() (in module Bering.plotting)

Plot_Classification_Post() (in module Bering.plotting) Plot_Segmentation() (in module Bering.plotting) Plot_Segmentation_Post() (in module Bering.plotting) Plot_SliceImages() (in module Bering.plotting) predict() (Bering.training.TrainerEdge method), [1] (Bering.training.TrainerNode method), [1]

R

register_backward_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_buffer() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_forward_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_forward_pre_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_full_backward_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_full_backward_pre_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

register_load_state_dict_post_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_module() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_parameter() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] register_state_dict_pre_hook() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] requires_grad_() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

S

set_extra_state() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] share_memory() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

state_dict() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] stereoseq_embryobrain_chen() (in module Bering.datasets), [1]

T

T_destination (Bering.models.BaselineMLP attribute), [1] (Bering.models.EdgeClf attribute), [1] (Bering.models.GaussianSmearing attribute) (Bering.models.GCN attribute), [1] (Bering.models.ImageEncoder attribute), [1] to() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] to_empty() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

train() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1] TrainerEdge (class in Bering.training), [1] TrainerNode (class in Bering.training), [1] Training() (in module Bering.training) type() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

U

update() (Bering.training.TrainerEdge method), [1] (Bering.training.TrainerNode method), [1]

use_settings() (Bering.BrGraph method) (Bering.objects.Bering_Graph method)

V

validate() (Bering.training.TrainerEdge method), [1] (Bering.training.TrainerNode method), [1]

X

xenium_dcis_janesick() (in module Bering.datasets) xpu() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]

Z

zero_grad() (Bering.models.BaselineMLP method), [1] (Bering.models.EdgeClf method), [1] (Bering.models.GaussianSmearing method) (Bering.models.GCN method), [1] (Bering.models.ImageEncoder method), [1]